Когда распался Советский Союз
Распад СССР в 1991?году тяжело ударил и по «Вымпелу». После событий 1991?года подразделение передали под управление Межреспубликанской службы безопасности, затем включили в состав Агентства федеральной безопасности РФ. 24 января 1992?года «Вымпел» вошёл в состав Министерства безопасности на правах самостоятельного подразделения. Изменились и задачи, стоящие перед ним: теперь основной целью подразделения стала защита стратегических объектов от террористических атак. Началась вторая жизнь «Вымпела».
В 1993?году они предотвратили попытку вывоза радиоактивных материалов из-под Екатеринбурга, неоднократно принимали участие в освобождениях заложников, работали в «горячих точках» на территории РФ и СНГ.
23 декабря 1993?года указом Президента РФ Министерство безопасности было расформировано, а «Вымпел» переподчинён МВД и переименован в «Вегу». Реакция бойцов «Вымпела» была предсказуемой?— почти все они подали рапорты об увольнении или о переводе в другие подразделения. Так, в феврале 1994?года 128 человек подали рапорты на увольнение, 50 офицеров остались служить в Главном управлении охраны и службы безопасности президента, 30 человек ушли во внешнюю разведку, и столько же в контрразведку. Дело в том, что 5 июля 1994?года Президент РФ подписал указ о создании Управления специальных операций Федеральной службы контрразведки (УСО ФСК РФ) Главная задача УСО аналогична той, что стояла перед «Вымпелом» в 1992–1993?годах,?— антитеррористические и антидиверсионные действия на стратегически важных и экологически опасных объектах России. Осенью 1994?года началось создание региональных подразделений УСО ФСК РФ. В?конце декабря 1994?года группа из 21 сотрудника УСО ФСК участвует в операции по штурму Грозного.
Структурно подразделение «Вега» (57 офицеров) вошло в ГУОП МВД РФ и подчинялось начальнику ГУОП генерал-полковнику Михаилу Константиновичу Егорову. Начался набор сотрудников. МВД РФ утвердило 11 августа 1994?года «Инструкцию о порядке отбора кандидатов на военную службу (работу) в Отдельный отряд специального назначения “Вега”».
Справедливости ради отметим, что «Вега» просуществовала недолго. Указом Президента РФ от 28 августа 1995?года она была передана из МВД в УСО ФСБ, и ей вернули старое название?— «Вымпел».